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Aspera Connect 4.2之后的问题
Aspera是下载SRA等数据库经常用到的一个软件,但是其GUI客户端老是出毛病,而且在批量下载例如来源于sra-explorer.info的数据时不太方便,所以我更喜欢用command line
但是Aspera connect在4.2版本之后就不再自带通用密钥了(asperaweb_id_dsa.openssh),正常来说,通用密钥应该在如下位置:
$HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh # Linux
$HOME/Applications/Aspera\ Connect.app/Contents/Resources/asperaweb_id_dsa.openssh # macOS
而下载时,因为没有这个密钥,就会报错,除非下载数据库(例如CNGBdb)给你提供一个专用密钥
# run
ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR138/064/SRR13826164/SRR13826164_1.fastq.gz .
$ Session Stop (Error: Private key file not found at path /home/yuntaozhu/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh)
如果你直接下载网上的密钥,大概率会出现
Key passphrase:
嗯,密钥被加密了
因此最简单的方式,是安装早期版本的ascp
配置Aspera Connect 4.1.3
这是最后一个自动安装密钥的版本,安装完成后就可以直接用了
我是使用wsl2的Ubuntu 24 LTSC,实体Linux应该也可以
下载和安装如下:
# Linux
wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/0adrj/0/ibm-aspera-connect_4.1.3.93_linux.tar.gz
tar zxvf ibm-aspera-connect_4.1.3.93_linux.tar.gz
bash ibm-aspera-connect_4.1.3.93_linux.sh
# macOS
wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/0adri/0/ibm-aspera-connect_4.1.3.93_macOS_x86_64.dmg
# 然后运行dmg进行安装
对于Linux,应该会在如下位置安装和创建asperaweb_id_dsa.openssh
$HOME/.aspera/connect/bin/ascp
$HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh
对于macOS,则是:
$HOME/Applications/Aspera\ Connect.app/Contents/Resources/ascp
$HOME/Applications/Aspera\ Connect.app/Contents/Resources/asperaweb_id_dsa.openssh
测试安装结果
试一试安装是否成功
ascp --version
或者直接下载一个序列试试~
# Linux
ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR138/064/SRR13826164/SRR13826164_1.fastq.gz .
# macOS
ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/Applications/Aspera\ Connect.app/Contents/Resources/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR138/064/SRR13826164/SRR13826164_1.fastq.gz .
起飞~
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