Linux/macOS配置Aspera Connect (ascp)以及密钥(asperaweb

Linux/macOS配置Aspera Connect (ascp)以及密钥(asperaweb

Welcome to my blog

https://wp.me/pf9GTU-6u

Aspera Connect 4.2之后的问题

Aspera是下载SRA等数据库经常用到的一个软件,但是其GUI客户端老是出毛病,而且在批量下载例如来源于sra-explorer.info的数据时不太方便,所以我更喜欢用command line

但是Aspera connect在4.2版本之后就不再自带通用密钥了(asperaweb_id_dsa.openssh),正常来说,通用密钥应该在如下位置:

$HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh # Linux

$HOME/Applications/Aspera\ Connect.app/Contents/Resources/asperaweb_id_dsa.openssh # macOS

而下载时,因为没有这个密钥,就会报错,除非下载数据库(例如CNGBdb)给你提供一个专用密钥

# run

ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR138/064/SRR13826164/SRR13826164_1.fastq.gz .

$ Session Stop (Error: Private key file not found at path /home/yuntaozhu/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh)

如果你直接下载网上的密钥,大概率会出现

Key passphrase:

嗯,密钥被加密了

因此最简单的方式,是安装早期版本的ascp

配置Aspera Connect 4.1.3

这是最后一个自动安装密钥的版本,安装完成后就可以直接用了

我是使用wsl2的Ubuntu 24 LTSC,实体Linux应该也可以

下载和安装如下:

# Linux

wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/0adrj/0/ibm-aspera-connect_4.1.3.93_linux.tar.gz

tar zxvf ibm-aspera-connect_4.1.3.93_linux.tar.gz

bash ibm-aspera-connect_4.1.3.93_linux.sh

# macOS

wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/0adri/0/ibm-aspera-connect_4.1.3.93_macOS_x86_64.dmg

# 然后运行dmg进行安装

对于Linux,应该会在如下位置安装和创建asperaweb_id_dsa.openssh

$HOME/.aspera/connect/bin/ascp

$HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh

对于macOS,则是:

$HOME/Applications/Aspera\ Connect.app/Contents/Resources/ascp

$HOME/Applications/Aspera\ Connect.app/Contents/Resources/asperaweb_id_dsa.openssh

测试安装结果

试一试安装是否成功

ascp --version

或者直接下载一个序列试试~

# Linux

ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR138/064/SRR13826164/SRR13826164_1.fastq.gz .

# macOS

ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/Applications/Aspera\ Connect.app/Contents/Resources/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR138/064/SRR13826164/SRR13826164_1.fastq.gz .

起飞~

image.png

💫 相关推荐

作者:雀跃的鹊鹊
365网站余额截图

作者:雀跃的鹊鹊

📅 09-02 👁️ 9583
办案要务大家谈|证据审查必须遵循四项法则
365网站余额截图

办案要务大家谈|证据审查必须遵循四项法则

📅 07-25 👁️ 3233
world 是什么意思?
365bet足球比

world 是什么意思?

📅 09-14 👁️ 282